扣除项目比照《个体工商户个人所得税计税办法(试行)》(国税发[1997J43号)的规定确定，但下列项目的扣除依照本规定执行:
1.投资者的费用扣除标准，由各省、自治区、直辖市地方税务局参照《个人所得税法》工资、薪金所得项目的费用扣除标准确定。投资者的工资不得在税前直接扣除。但可按规定的标准扣除，从2008年3月1日起投资者费用扣除标准每月为2000元。
投资者兴办两个或两个以上企业的其费用扣除标准由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。
本条规定的意义是:投资者的工资、薪金收入不再按照工资、薪金的规定单独征税，而是将其并入生产、经营所得一并计算，但可按照工资、薪金征税的规定计算扣除相应的费用。
2.投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。投资者及其家庭发生的生活费用与企业生产经营费用混合在一起，并且难以划分的，全部视为投资者个人及其家庭发生的生活费用，不允许在税前扣除。
3.企业生产经营和投资者及其家庭生活共用的固定资产，难以划分的，由主管税务机关根据企业的生产经营类型、规模等具体情况，核定准予在税前扣除的折旧费用的数额或比例。
4.个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
5.个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2％、14％、2.5％的标准

6.个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售(营业)收入15％的部分，可据实扣除;超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
7.个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60％扣除，但最高不得超过当年销售(营业)收入的5％。
8.计提的各种准备金不得扣除。
9.企业与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用。不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税所得额的，主管税务机关有权进行合理调整。
所称关联企业，其认定条件及税务机关调整其价款、费用的方法，按照《税收征管法》及其实施细则的有关规定执行。
10.技资者兴办两个或两个以上企业应纳税额的计算方法。
应纳税额的具体计算方法为:汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额，以此确定适用税率，计算出全年经营所得的应纳税额，再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例，分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额D计算公式如下:
(1)应纳税所得额=∑各个企业的经营所得
(2)应纳税额=应纳税所得额×税率一速算扣除数
(3)本企业应纳税额=应纳税额×本企业的经营所得÷三各个企业的经营所得
(4)本企业应补缴的税额=本企业应纳税额一本企业预缴的税额